Грунтовую часть сезона начинает с выхода в финал турнира в Барселоне, где его соперником стал Рафаэль Надаль. По итогу Гильермо уступил со счетом 3-6 4-6. На Открытом чемпионате Франции в третий раз в карьере выходит в четвертьфинал, где проиграл № 4 в мировом рейтинге Николаю Давыденко. В июле аргентинец вышел в полуфинал турнира в Умаге. До конца сезхона дойти до этой стадии ему удалось только один раз в октябре на турнире в Меце.
Начало сезона 2008 года пропустил, начав его в феврале. На турнире в Лас-Вегасе вышел в полуфинал. В июне попадает в четвертьфинал на турнире в Варшаве и полуфинал в Хертогенбосе. В июле дважды выходит в четвертьфинал в Гштаде и Умаге. В дальнейшем результаты Каньяса пошли на спад. До конца сезона он не мог преодолеть первых раундов на турнирах ATP. Всего лишь один раз ему удалось выйти в четвертьфинал в апреле 2009 года на турнире в Хьюстоне, где он выступил уже в качестве игрока второй сотни мирового рейтинга. Последний раз на профессиональных соревнованиях выступил в июле 2009 года. В декабре 2009 года объявил об окончании своей карьеры в возрасте 32-х лет. Официальной причиной была названа обострившаяся хроническая травма запястья.
Рейтинг на конец года
| Год | Одиночный рейтинг | Парный рейтинг |
| 2009 | 191 | |
| 2008 | 79 | 180 |
| 2007 | 15 | 152 |
| 2006 | 143 | 651 |
| 2005 | 102 | 702 |
| 2004 | 12 | 93 |
| 2003 | 272 | 559 |
| 2002 | 15 | 61 |
| 2001 | 15 | 153 |
| 2000 | 231 | 365 |
| 1999 | 71 | 134 |
| 1998 | 95 | 283 |
| 1997 | 129 | 352 |
| 1996 | 183 | 281 |
| 1995 | 365 | 594 |
| 1994 | 557 | 753 |
Выступления на турнирах
Финалы турниров ATP в одиночном разряде (16)
Победы (7)
| Титулы |
| Турниры Большого шлема (0) |
| Кубок Мастерс / Финал мирового тура (0) |
| Серия Мастерс (1) |
| ATP International Gold (1+1) |
| ATP International (5+1) |
| Титулы по покрытиям | Титулы по месту проведения матчей турнира |
| Хард (3+1) | Зал (0) |
| Грунт (4+1) |
| Трава (0) | Открытый воздух (7+2) |
| Ковёр (0) |
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт |
| 1. | 15 апреля 2001 | Касабланка, Марокко | Грунт | Томми Робредо | 7-5 6-2 |
| 2. | 6 января 2002 | Ченнаи, Индия | Хард | Парадорн Шричапан | 6-4 7-6(2) |
| 3. | 4 августа 2002 | Торонто, Канада | Хард | Энди Роддик | 6-4 7-5 |
| 4. | 18 июля 2004 | Штутгарт, Германия | Грунт | Гастон Гаудио | 5-7 6-2 6-0 1-6 6-3 |
| 5. | 25 июля 2004 | Умаг, Хорватия | Грунт | Филиппо Воландри | 7-5 6-3 |
| 6. | 3 октября 2004 | Шанхай, Китай | Хард | Ларс Бургсмюллер | 6-1 6-0 |
| 7. | 18 февраля 2007 | Коста-ду-Сауипе, Бразилия | Грунт | Хуан Карлос Ферреро | 7-6(4) 6-2 |
Поражения (9)
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт |
| 1. | 25 апреля 1999 | Орландо, США | Грунт | Магнус Норман | 0-6 3-6 |
| 2. | 24 июня 2001 | Хертогенбос, Нидерланды | Трава | Ллейтон Хьюитт | 3-6 4-6 |
| 3. | 22 июля 2001 | Штутгарт, Германия | Грунт | Густаво Куэртен | 3-6 2-6 4-6 |
| 4. | 14 октября 2001 | Вена, Австрия | Хард(i) | Томми Хаас | 2-6 6-7(6) 4-6 |
| 5. | 14 апреля 2002 | Касабланка, Марокко | Грунт | Юнес эль-Айнауи | 6-3 3-6 2-6 |
| 6. | 21 июля 2002 | Штутгарт, Германия | Грунт | Михаил Южный | 3-6 6-3 6-3 4-6 4-6 |
| 7. | 17 октября 2004 | Вена, Австрия | Хард(i) | Фелисиано Лопес | 4-6 6-1 5-7 6-3 5-7 |
| 8. | 1 апреля 2007 | Майами, США | Хард | Новак Джокович | 3-6 2-6 4-6 |
| 9. | 29 апреля 2007 | Барселона, Испания | Грунт | Рафаэль Надаль | 3-6 4-6 |
